遗传学上把兄妹、姐弟间的交配称为“自交”，也就是养鸽人称之为的平辈交配。自交是近亲交配的一种形式。
“自交”必定产生性状上的分离, 育种者正可以根据自交后出现的分离类型，选择自己培育品种的理想类型。本文专门讨论如果连续釆用自交的形式进行育种，将会产生一些什么样的类型? 以及效果如何?
首先我们从理论上进行分析, 为了便于理解, 我们仍然画图示意, 图中仍取三种基本的性状作为研究的内容。
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父 黑羽毛
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黄眼
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能归巢弱性×中雨点
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沙眼
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能归巢强性母
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代表符号 AA
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BB
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cc ↓ aa
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bb
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CC
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子1代基因型 AaBbcC×AaBbcC 子1代自交
↓
♂ ABC ABc AbC Abc aBC aBc abC abc
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♀ABC
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AABBCC
1
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AABBCc
2
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AABbCC
3
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AaBBcC
4
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AaBBcC
5
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AaBBCc
6
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AaBbCC
7
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AaBbCc
8
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ABc
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AABBCc
9
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AABBcc
10
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AABbcC
11
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AaBbcc
12
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AaBBcC
13
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AaBBcc
14
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AaBbCc
15
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AaBbcc
16
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AbC
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AABbCC
17
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AABBCc
18
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AAbbCC
19
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AAbbCc
20
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AabBCc
21
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AabBCc
22
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AabBCc
23
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AabbCc
24
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Abc
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AABbCc
25
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AABbcc
26
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AAbbCc
27
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AAbbcc
28
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AabBCc
29
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AabBcc
30
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AabbCc
31
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Aabbcc
32
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aBC
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AaBBCC
33
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AaBBCc
34
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AaBbCC
35
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AaBbCc
36
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aaBBCC
37
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aaBBCc
38
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aaBbCC
39
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aaBbCc
40
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aBc
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AaBBCc
41
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AaBBcc
42
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AaBbCc
43
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AaBbcc
44
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aaBBCc
45
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aaBBcc
46
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aaBbCc
47
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aaBbcc
48
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abC
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AaBbCC
49
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AaBbCc
50
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AaBBbbCC
51
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AabbCc
52
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aaBbcc
53
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aaBbCc
54
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aabbCC
55
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aabbCc
56
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abc
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AaBbCc
57
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AaBbcc
58
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AabbCc
59
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Aabbcc
60
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aaBbCc
61
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aaBbcc
62
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aabbCc
63
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aabbcc
64
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子1代经自交后出现了哪些类型呢？
黑黄强 黑黄弱 黑沙强 黑沙弱 雨黄强 雨黄弱 雨沙强 雨沙弱
： ： ： ： ： ： ： ：
27 9 9 3 9 3 3 1
如果我们用经自交产生的子1代再进行自交，效果将会如何呢？本文只分析一代。
假设一: 用子1代分离的类型1和64相配, 得:
子1代自交: 雄AABBCC Xaabbcc 雌
类型1 黑黄强 l 雨沙弱 类型64
子2代基因型 : AaBbCc
表现型为: 黑黄强
此例由于基因型的完全不同，尽管它们是同父同母所出,，但从遗传基因上分析，它们的相配实质上是杂交型。
假设二: 用1代分离的类型1O和55相配, 得:
子1代自交: 雄 AABBccXaabbCC 雌
类型1O 黑黄弱l雨沙强 类型55
AaBbCc
表现型为: 黑黄强
此例由于相对性状的不同，从基因上分析，仍属于杂交型。因为雄的AA与雌的aa或雄的BB与雌的bb或雄的cc与雌的CC任何一个经减数分离的 配子相结合, 都只会得Aa、Bb、Cc。故是杂交型。
假设三: 用子1代分离的类型15和29相配, 得:
子1代自交: 雄 AaBbCc XAaBbcC 雌
类型15 黑黄强 l 雨沙强 类型29子2代基因型: AaBbCc、AABbCC、aABBCC、aaBbcC……
表现型为: 黑黄强、黑黄强、黑黄强、雨黄强等若干种
此例中经减数分离的雄的ABC与雌的ABC相结合, 就得到了基因型的纯合子(AABBCC), 其余的性状, 有的可能纯合(雄的AB与雌的AB), 有的仍然是杂合(雄的AB对雌的ab), 同时还会出现雨黄强这一种类型(自交的双亲都是黑羽毛, 出的儿却出成雨点色一一这也是人们平常称的翻窝)。
假设4: 用子1代分离的类型1和1相配或64和64相配, 得:
子1代自交: 类型1 雄AABBCCXAABBCC 雌类型1
L
AABBCC
表现型为: 黒黃強
子1代自交: 类型64 雄aabbccxaabbcc 雌 类型64
L
子2代基因型: aabbcc
表现型为: 黑黄强和雨沙弱
这两种配子的结合, 由于基因型完全一致, 所以三种性状都得到纯合子。
……其余类推。
从上边几例的分析上看, 子1代自交, 由于基因型的不同, 经减数分离和自由组合的过程产生新的基因型的类型也不尽相同, 可以产生出很多的类型。由此也可以知道, 要把一系鸽子的若干种性状都提纯到纯合的程度, 那将是一件十分不容易的事情。
如果用自交子2代再作种来提纯鸽种呢? 这得看所选择使用做种用的子2代的基因型属于哪一种类型? 这两种类型的结合将产生什么样类型的基因型, 其方法如前所述, 这里就不再赘述。
从效果上讲呢? 有会出成纯的良种鸽子, 有的会出成差的, 更多的是这种性状纯合而另外的性状处于杂合状态(同一只鸽子身上), 也还有若干性状都处在杂合状态的。如果原种的种质优良, 经人为的提纯手段刚好是一只提纯了的鸽子, 用它作种用, 效果当然就会好, 否则得到的结果就会是时好时不好, 或者根本不好。这当中的关健是看我们筛选到哪一种类型的自交系鸽子来作种。